進化樹構件文件為什麼找不到
⑴ fasttree的SNP系統進化樹圖怎麼看
方法如下：
1、mega文件導入：
File—OpenAFile/Session—選擇要導入的文件，選擇數據類型（如果是SNP即為NuceotideSequences），提示Protein-codingnucleotidesequencedata時，選擇No，即不把DNA序列翻譯成蛋白序列構建進化樹。
2、系統進化樹的構建：
選Phylogeny選項卡，在可選的方法中選擇一種方法進行系統進化樹的構建，種內材料一般選擇NJ法即可，屬內種間或屬以上材料可以用ML（maximumlikelihoodtree）法（ML法計算之前，可進行最優模型的選擇：Models—FindBestDNA/ProteinModels，使用選出的最優模型進行ML樹的構建），下面以NJ法為例進行說明。
參數設置，主要填寫Bootstrap值，一般選擇500或1000次；Model一般用Kimura2-parameterModel（K2），如果K2模型運行不了，可以換成p-distance模型；Gaps/MissingDataTreatment選擇Partialdeletion或者pairwisedeletion，選擇completedeletion時帶有缺失值的標記都會被刪除，所以必須謹慎；SiteCoverageCutoff與我們常說的完整度相同，一般填寫成我們過濾標記時使用的完整度，上述參數設置完成後，點擊compute即可。
⑵ 進化樹構建需要哪些工具
序列比對建議用ClustalX
建NJ或MP樹，用MEGA就可以了，非常方便
若要建ML樹推薦用phyML
建Bayes樹推薦用Parallel MrBayes @ BioHPC
如果不是專業建樹的話，MEGA足夠用了，建議參考下面這篇文章：
一、引言
開始動筆寫這篇短文之前，我問自己，為什麼要寫這樣的文章？寫這樣的文章有實際的意義嗎？我希望能夠解決什麼樣的問題？帶著這樣的疑惑，我隨手在丁香園（DXY）上以關鍵字「進化 分析 求助」進行了搜索，居然有289篇相關的帖子（2006年9月12日）。而以關鍵字「進化分析」和「進化」為關鍵字搜索，分別找到2,733和7,724篇相關的帖子。考慮到有些帖子的內容與分子進化無關，這里我保守的估計，大約有 3,000~4,000篇帖子的內容，是關於分子進化的。粗略地歸納一下，我大致將提出的問題分為下述的幾類：
1．涉及基本概念
例如，「分子進化與生物進化是不是一個概念」，「關於微衛星進化模型有沒有什麼新的進展」以及「關於Kruglyak的模型有沒有改進的出現」，等等。
2．關於構建進化樹的方法的選擇
例如，「用boostrap NJ得到XX圖，請問該怎樣理解？能否應用於文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX樹，請問與上個樹比，哪個更好」，等等。
3．關於軟體的選擇
例如，「想做一個進化樹，不知道什麼軟體能更好的使用且可以說明問題，並且有沒有說明如何做」，「拿到了16sr RNA數據，打算做一個系統進化樹分析，可是原來沒有做過這方面的工作啊，都要什麼軟體」，「請問各位高手用ClustalX做出來的進化樹與 phylip做的有什麼區別」，「請問有做過進化樹分析的朋友，能不能提供一下，做樹的時候參數的設置，以及代表的意思。還有各個分支等數值的意思，說明的問題等」，等等。
4．蛋白家族的分類問題
例如，「搜集所有的關於一個特定domain的序列，共141條，做的進化樹不知具體怎麼分析」，等等。
5．新基因功能的推斷
例如，「根據一個新基因A氨基酸序列構建的系統發生樹，這個進化樹能否說明這個新基因A和B同源，屬於同一基因家族」，等等。
6．計算基因分化的年代
例如，「想在基因組水平比較兩個或三個比較接近物種之間的進化年代的遠近，具體推算出他們之間的分歧時間」，「如何估計病毒進化中變異所需時間」，等等。
7．進化樹的編輯
例如生成的進化樹圖片，如何進行後續的編輯，比如希望在圖片上標注某些特定的內容，等等。
由於相關的帖子太多，作者在這里對無法閱讀全部的相關內容而致以歉意。同時，作者歸納的這七個問題也並不完全代表所有的提問。對於問題1所涉及到的基本的概念，作者推薦讀者可參考由Masatoshi Nei與Sudhir Kumar所撰寫的《分子進化與系統發育》（Molecular Evolution and Phylogenetics）一書，以及相關的分子進化方面的最新文獻。對於問題7，作者之一lylover一般使用Powerpoint進行編輯，而 Photoshop、Illustrator及Windows自帶的畫圖工具等都可以使用。
這里，作者在這里對問題2-6進行簡要地解釋和討論，並希望能夠初步地解答初學者的一些疑問。
二、方法的選擇
首先是方法的選擇。基於距離的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小進化法）和NJ（Neighbor-Joining，鄰接法）等。其他的幾種方法包括MP（Maximum parsimony，最大簡約法）、ML（Maximum likelihood，最大似然法）以及貝葉斯（Bayesian）推斷等方法。其中UPGMA法已經較少使用。
一般來講，如果模型合適，ML的效果較好。對近緣序列，有人喜歡MP，因為用的假設最少。MP一般不用在遠緣序列上，這時一般用NJ或ML。對相似度很低的序列，NJ往往出現Long-branch attraction（LBA，長枝吸引現象），有時嚴重干擾進化樹的構建。貝葉斯的方法則太慢。對於各種方法構建分子進化樹的准確性，一篇綜述（Hall BG. Mol Biol Evol 2005, 22(3):792-802）認為貝葉斯的方法最好，其次是ML，然後是MP。其實如果序列的相似性較高，各種方法都會得到不錯的結果，模型間的差別也不大。
對於NJ和ML，是需要選擇模型的。對於各種模型之間的理論上的區別，這里不作深入的探討，可以參看Nei的書。對於蛋白質序列以及DNA序列，兩者模型的選擇是不同的。以作者的經驗來說，對於蛋白質的序列，一般選擇Poisson Correction（泊松修正）這一模型。而對於核酸序列，一般選擇Kimura 2-parameter（Kimura-2參數）模型。如果對各種模型的理解並不深入，作者並不推薦初學者使用其他復雜的模型。
Bootstrap幾乎是一個必須的選項。一般Bootstrap的值>70，則認為構建的進化樹較為可靠。如果Bootstrap的值太低，則有可能進化樹的拓撲結構有錯誤，進化樹是不可靠的。
對於進化樹的構建，如果對理論的了解並不深入，作者推薦使用預設的參數。需要選擇模型的時候（例如用NJ或者ML建樹），對於蛋白序列使用Poisson Correction模型，對於核酸序列使用Kimura-2參數模型。另外需要做Bootstrap檢驗，當Bootstrap值過低時，所構建的進化樹其拓撲結構可能存在問題。並且，一般推薦用兩種不同的方法構建進化樹，如果所得到的進化樹類似，則結果較為可靠。
三、軟體的選擇
表1中列出了一些與構建分子進化樹相關的軟體。
構建NJ樹，可以用PHYLIP（寫得有點問題，例如比較慢，並且Bootstrap檢驗不方便）或者MEGA。MEGA是Nei開發的方法並設計的圖形化的軟體，使用非常方便。作者推薦MEGA軟體為初學者的首選。雖然多雪列比對工具ClustalW/X自帶了一個NJ的建樹程序，但是該程序只有p- distance模型，而且構建的樹不夠准確，一般不用來構建進化樹。
構建MP樹，最好的工具是PAUP，但該程序屬於商業軟體，並不對學術免費。因此，作者並不建議使用PAUP。而MEGA和PHYLIP也可以用來構建進化樹。這里，作者推薦使用MEGA來構建MP樹。理由是，MEGA是圖形化的軟體，使用方便，而PHYLIP則是命令行格式的軟體，使用較為繁瑣。對於近緣序列的進化樹構建，MP方法幾乎是最好的。
構建ML樹可以使用PHYML，速度最快。或者使用Tree-puzzle，速度也較快，並且該程序做蛋白質序列的進化樹效果比較好。而PAML則並不適合構建進化樹。ML的模型選擇是看構出的樹的likelihood值，從參數少，簡單的模型試起，到likelihood值最大為止。ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP來構建。這里作者推薦的工具是BioEdit。BioEdit集成了一些PHYLIP的程序，用來構建進化樹。Tree- puzzle是另外一個不錯的選擇，不過該程序是命令行格式的，需要學習DOS命令。PHYML的不足之處是沒有win32的版本，只有適用於64位的版本，因此不推薦使用。值得注意的是，構建ML樹，不需要事先的多序列比對，而直接使用FASTA格式的序列即可。
貝葉斯的演算法以MrBayes為代表，不過速度較慢。一般的進化樹分析中較少應用。由於該方法需要很多背景的知識，這里不作介紹。
表1 構建分子進化樹相關的軟體
軟體 網址 說明
ClustalX http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ 圖形化的多序列比對工具
ClustalW http://www.cf.ac.uk/biosi/research/biosoft/Downloads/clustalw.html 命令行格式的多序列比對工具
GeneDoc http://www.psc.e/biomed/genedoc/ 多序列比對結果的美化工具（可以導入fasta格式的文件，出來的圖可用於發表，我用過）
BioEdit http://www.mbio.ncsu.e/BioEdit/bioedit.html 序列分析的綜合工具
MEGA http://www.megasoftware.net/ 圖形化、集成的進化分析工具，不包括ML
PAUP http://paup.csit.fsu.e/ 商業軟體，集成的進化分析工具
PHYLIP http://evolution.genetics.washington.e/phylip.html 免費的、集成的進化分析工具
PHYML http://atgc.lirmm.fr/phyml/ 最快的ML建樹工具
PAML http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html ML建樹工具
Tree-puzzle http://www.tree-puzzle.de/ 較快的ML建樹工具
MrBayes http://mrbayes.csit.fsu.e/ 基於貝葉斯方法的建樹工具
MAC5 http://www.agapow.net/software/mac5/ 基於貝葉斯方法的建樹工具
TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 進化樹顯示工具
（加紅色標注的為最通用的分析軟體）
需要注意的幾個問題是，其一，如果對核酸序列進行分析，並且是CDS編碼區的核酸序列，一般需要將核酸序列分別先翻譯成氨基酸序列，進行比對，然後再對應到核酸序列上。這一流程可以通過MEGA 3.0以後的版本實現。MEGA3現在允許兩條核苷酸，先翻成蛋白序列比對之後再倒回去，做後續計算。
其二，無論是核酸序列還是蛋白序列，一般應當先做成 FASTA格式。FASTA格式的序列，第一行由符號「>」開頭，後面跟著序列的名稱，可以自定義，例如user1，protein1等等。將所有的FASTA格式的序列存放在同一個文件中。文件的編輯可用Windows自帶的記事本工具，或者EditPlus（google搜索可得）來操作。
另外，構建NJ或者MP樹需要先將序列做多序列比對的處理。作者推薦使用ClustalX進行多序列比對的分析。多序列比對的結果有時需要後續處理並應用於文章中，這里作者推薦使用GeneDoc工具。而構建ML樹則不需要預先的多序列比對。
因此，作者推薦的軟體組合為：MEGA + ClustalX + GeneDoc + BioEdit。
四、數據分析及結果推斷
一般碰到的幾類問題是，（1）推斷基因/蛋白的功能；（2）基因/蛋白家族分類；（3）計算基因分化的年代。關於這方面的文獻非常多，這里作者僅做簡要的介紹。
推斷基因/蛋白的功能，一般先用Blast工具搜索同一物種中與不同物種的同源序列，這包括直向同源物（ortholog）和旁系同源物（paralog）。如何界定這兩種同源物，網上有很多詳細的介紹，這里不作討論。然後得到這些同源物的序列，做成FASTA格式的文件。一般通過NJ構建進化樹，並且進行Bootstrap分析所得到的結果已足夠。如果序列近緣，可以再使用MP構建進化樹，進行比較。如果序列較遠源，則可以做ML樹比較。使用兩種方法得到的樹，如果差別不大，並且Bootstrap總體較高，則得到的進化樹較為可靠。
基因/蛋白家族分類。這方面可以細分為兩個問題。一是對一個大的家族進行分類，另一個就是將特定的一個或多個基因/蛋白定位到已知的大的家族上，看看屬於哪個亞家族。例如，對驅動蛋白（kinesin）超家族進行分類，屬於第一個問題。而假如得到一個新的驅動蛋白的序列，想分析該序列究竟屬於驅動蛋白超家族的14個亞家族中的哪一個，則屬於後一個問題。這里，一般不推薦使用MP的方法。大多數的基因/蛋白家族起源較早，序列分化程度較大，相互之間較為遠源。這里一般使用NJ、ME或者ML的方法。
計算基因分化的年代。這個一般需要知道物種的核苷酸替代率。常見物種的核苷酸替代率需要查找相關的文獻。這里不作過多的介紹。一般對於這樣的問題，序列多數是近緣的，選擇NJ或者MP即可。
如果使用MEGA進行分析，選項中有一項是「Gaps/Missing Data」，一般選擇「Pairwise Deletion」。其他多數的選項保持預設的參數。
五、總結
在實用中，只要方法、模型合理，建出的樹都有意義，可以任意選擇自己認為好一個。最重要的問題是：你需要解決什麼樣的問題？如果分析的結果能夠解決你現有的問題，那麼，這樣的分析足夠了。因此，在做進化分析前，可能需要很好的考慮一下自己的問題所在，這樣所作的分析才有針對性。
六、致謝
本文由mediocrebeing在2005年9月8日所發起的討論《關於建樹的經驗》擴充、修改而來。文章的作者按原貼ID出現先後排名，由 lylover執筆。作者同時感謝所有參與討論的戰友。作者lylover感謝中國科大細胞動力學實驗室的金長江博士所給的一些有益的建議。
來源:丁香園(mediocrebeing, rodger, lylover , klaus, oldfish, yzwpf)
⑶ 用mega做進化樹事錯誤提示： No common nucleotide sites
如果你的序列裡面有gaps，那麼你是否設置了gaps symbols（也就是問號、空格之類的），序列裡面如果有gaps就要用那些符號代替。發現gaps並用這些符號代替的目的是為了保證不同序列長度的一致。
如果你沒有設置gaps，也就是說，序列有長有短。當你選擇了Pairwise Deletion的時候，根據其原理，都有某個鹼基缺失的序列和沒有該鹼基位點缺失的序列在計算時會被分為兩組，也就是你的分析里模型參數要根據不同的數據集進行估計，這樣很容易出現算不下去的問題。
由於不知道你的數據集到底是如何處理的，你檢查下我上面說的看看，首先要設置gaps符號，最後校對下gaps的使序列有同樣的長度，畢竟我們的序列往往都是測序中出現的，一般數目很少。然後不用選Pairwise Deletion。
⑷ 為何用MEGA軟體畫進化樹時當點擊"click me to activate a data file"提交文件後總出現"no sequence fou...
從字面理解確實是在1421行沒有數列。。。。
⑸ clustal X 怎麼打不開桌面上的序列文件
用蛋白互或者基因的序列做進化樹，大概分為兩個步驟，一個是比對，一個是構建進化樹，clustalX主要是用來進行比對的，構建的進化樹只是前導樹，不夠准確。如果需要構建進化樹還是選擇下其他專業的軟體靠譜些，強烈推薦下新手使用MEGA5，比較容易上手，而且已經嵌入了Clustalw和muscle的比對，不需要另行裝比對軟體。而且可以直接生成樹狀圖，避免使用treeview。官方網址：
⑹ 關於基因序列進化樹的文件格式
資料庫好像只能靠你自己輸入吧
⑺ 應用MEGA構建進化樹時是否需要把目的基因序列與同源基因的序列一起轉化為FASTA格式，保存一個文件
不是轉化成fas格式，應該是轉化成meg格式的，然後在進行發育樹的構建。
⑻ NCBI的使用和進化樹構建求助
因此NCBI 的分類學資料庫不是一個系統發育或分類學的「專家資料庫」（Wheeler et al., 2000）。
獲取序列所對應的分類學信息有兩種方法。
一種方法，從NCBI 網站下載gi與taxid 對應表，在Taxonomy 資料庫的FTP 地址下載。這個目錄下有多個壓縮文件，其中針對Windows 操作系統的兩個針對蛋白質序列和核苷酸序列的壓縮文件分別是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。這兩個文件都只有兩列，左邊為gi 號，右邊為Taxid。由於這些文件非常大，因此用瀏覽器來打開這些文件幾乎是不可能的。隨著時間的推移，這兩個文件會越來越大，不過速度不會是指數增長的，並且在美國東部時間的每個星期一2：00 am NCBI 會對其進行更新。
對於Windows 用戶還有一個文件稱為taxmp.zip 文件。文件解壓縮後包括1 個*.prt 文件和6 個*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密碼子表，與同目錄的gc.prt 聯合使用；merged.dmp 是保存有合並的taxid 號的對應表；nodes.dmp 是結點信息；division.dmp 是較大的幾個分類；names.dmp 結點名稱信息，每個id 對應多行。這些數據被Phylogenie 軟體包中的blammer 程序用於構建進化樹。
利用ftp 地址的連接利用Http 或ftp 方式將文件下載到本地，通過本地程序或腳本搜索文本，來建立gi 號與Taxid 之間的聯系（圖）。這種方法比較適合於在線服務的Web 形式的程序，通過在本地不斷地及時更新程序就可以完成這項工作。
第二種方法是對Taxonomy 資料庫進行API 分析。
⑼ 用MEGA構建進化樹時，FAS文件轉化成的MEG文件打不開怎麼辦
這樹有什麼好分析的，只是做出來給別人看的，看一下跟那個模式菌株最接近。其實真正的同源性分析的話，就是你在資料庫里做比對的時候，同源性最高的那個菌株有分析價值。其他的菌株都只是一個比較。這幅圖里，同源性最高的就是100的那個菌株了，而且初步判斷，和那個菌株是一個種的。最後提醒一下：如果是模式菌株，後面要加一個「T」的上標。
⑽ 如何用MEGA構建進化樹
這個問題還是很easy的
MEGA 4
1.打開MEGA4軟體
2.在界面中選擇Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL
3.在彈出的窗口中選擇create a new alignment
4.彈出的窗口中點擊no用於蛋白質的分析
輸入序列什麼的就不說了
5.採用菜單欄Alignment中的Align by ClastalW
6.利用默認參數進行多序列比對
7.點擊Data菜單欄中的Exit AlnExplorer
8.點擊Yes保存current align session (.mas)及MEGA file(.meg)
9.我暫且認為你是要構建phylogeny，NJ(neighbor joining)和MP(Maximum parsimony)方法都可以，當然還有其他很多方法，依據不同標准，需求選擇
10.調好參數，計算就可以了